Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Alma Ata Yogyakarta juga menerima mahasiswa D3 yang ingin melanjutkan transfer ke S1 Ilmu Keperawatan.
Program Studi yang ditawarkan Stikes Alma Ata Yogyakarta adalah :
1. S1 Ilmu Gizi
2. S1 Ilmu Keperawatan
3. D3 Ilmu Kebidanan